Estes são os principais doujutsus

Byakugan

(Olhos Albinos)
Rank: A
Jutsus que se Executa: Chakra Ryuudou
Usuário: Clã Hyuuga, Ao e Subordinado da Mizukage
Descrição: O Byakugan (白眼, Byakugan? literalmente "Olho Albino, ou ,Olho Branco") é uma habilidade nos olhos (瞳術, Dōjutsu, literalmente "técnica ocular") que naturalmente ocorre em membros do Clã Hyuuga (e somente membros do Clã Hyuuga o possuem). Usuários do Byakugan são caracterizados por seus olhos com íris lilás-clara, e falta da presença de pupilas. Quando o Byakugan está ativado, suas pupilas de alguma maneira aparecem e veias perto de seus olhos dilatam-se.
Uma pessoa com Byakugan tem uma visão de 360 graus (360º), exceto por um ponto cego atrás da nuca, sobre a primeira (1)ª vertebra, que é a única fraqueza conhecida. Usuários de Byakugan podem detectar qualquer elemento ao redor deles em uma distância de 50 metros (50m), embora Hyuuga Neji tenha conseguido aumentar esse limite para mais de 800 metros (800m), fazendo deles combatentes experientes em luta de longo alcance e de curto alcance. O Byakugan também possibilita ao usuário a habilidade de enxergar através de elementos sólidos, não importando a distância. Isto parece ser uma combinação de visão de raio-x com infravermelho, a exemplo de Hyuuga Hinata que demonstrou no Arco Filler do Bikochu que objetos podiam ser difíceis de ver se suas temperaturas fossem as mesmas do elementos ao seu redor. Também nota-se a presença de uma visão telescópica, um usuário do Byakugan pode focar em um só objeto e ampliar este ponto. O grau do foco parece depender da capacidade do usuário. O Byakugan dificilmente pode ser bloqueado, exceto em algum caso como com o Doujutsu de Ranmaru (Akagan), que pode bloquear o Byakugan com algo suficientemente opaco.
Um dos aspectos mais poderosos do Byakugan é a habilidade de ver o sistema circulatório Chakra, que é o aspecto chave para o uso do Juuken Ryuu, estilo de Taijutsu do Clã Hyuuga. Se bem treinado, o Shinobi (Ninja) portador do Byakugan é capaz de ver os Tenketsus de um indivíduo, permitindo ao usuário parar ou intensificar o fluxo de Charkra do oponente completemente, tal que o oponente é incapaz usar técnicas que requerem Charkra ou seja dependerá somente de Taijutsu. Todavia, o usuário pode aumentar seu fluxo de Charkra, liberando o Tenketsus e assim pode voltar a usar Charkra. Eventualmente usuários de Byakugan podem matar o oponente com um só golpe. Há diversas técnicas desenvolvidas especificamente para o usuário de Byakugan que são baseadas no Juuken Ryuu, que complementam e fazem uso das habilidades do Byakugan.
A proteção do Byakugan é muito importante para o Clã Hyuuga, o que exigiu a criação de uma elaborada hierarquia familiar, onde os membros da Família Principal, ou Ramo Principal (宗家, Sō-ke), devem ser protegidos pela Família Secundária, ou Ramo Secundário (分家, Bun-ke), e caso um membro da Família Secundária (分家, Bun-ke) for sequestrado, a Família Principal utiliza-se de um último recurso: o Selo Amaldiçoado do Clã Hyuuga, que ao ser ativado destrói toda a atividade nervosa cerebral, destruindo assim o segredo do Byakugan.

Sharingan

(Olho Copiador Giratório)

Níveis de Sharingan.

Usuário: Clã Uchiha, Kakashi Hatake e Danzou
Rank: -
Descrição: Esse é o Doujutsu do Clã Uchiha. O Sharingan é o olho que prevê movimentos e copia Jutsus, exceto os provenientes de Kekkei Genkai. Esse Doujutsu possui, além da previsão de movimentos, a visão de fluxo de Chakra, sendo essa a habilidade mais usada pelo Clã Uchiha para copiar e ver através dos Jutsus de adversários, porém, se for bem desenvolvido, pode ter outras utilidades, como o uso poderosos Genjutsus. O Clã Uchiha pode ver através de qualquer Jutsu, e consequentemente encontrar seu ponto fraco, descobrindo funciona e assim destruí-lo com um contra ataque, ou copiando-o. Para despertá-lo é necessário que o membro do Clã Uchiha experimente um forte sentimento (excitação, perigo, medo, raiva, ódio). Foi o caso de Uchiha Obito e de Uchiha Sasuke, onde ambos em ocasiões desesperadoras, onde seus amigos corriam perigo, despertaram o Sharingan.

Rin'negan

(輪廻眼, lit. Olho Samsara^[1])
Quem usa: Eremita do Seis Caminhos e Nagato
Rank: S
Descrição: O Rin'negan é o mais venerado dos Doujutsus. O Rin'negan é caracterizado por um número de círculos ao redor da pupila do usuário,este seu poder é dito capaz de salvar ou destruir o mundo. Diferente dos outros Doujutsus, este parece estar ativado todo tempo. Ele era usado pelo Eremita dos Seis Caminhos, dito o precursor de todos os Ninjas do Mundo e o criador dos primeiros Ninjutsus. Pein, o atual, e único, conhecido usuário desta habilidade, ativou-o na sua infância para salvar um de seus amigos. Pelo que Nagato (Pein) disse, Yahiko morreu há um tempo atrás, por isso que o corpo de Yahiko faz parte dos corpos que "compõem" Pein. Pein se fez supor que possui o poder da clarividência, e parece que esse Doujutsus permite mais de um Contrato de Sangue. Ele também tem vários outros corpos que varia dependendo da necessidade. O Rin'negan tem o poder de controlar todos os elementos e com isso, permite ao usuário utilizar todos os ninjutsus dos seis caminhos, que são técnicas tão poderosas quanto o Senjutsu dos Eremitas e as técnicas do Mangekyou Sharingan do clã Uchiha.Através do Rin'negan, Nagato era capaz de invocar a Gedo Mazo, um monstro capaz de sugar a alma de seus oponentes, através desse a Akatsuki estava sugando o poder dos Bijuus para criar o Jutsu Final. Os metais usados nos corpos controlados por Nagato também vem da estatua, porém o uso excessivo destes poderes fez com que a estatua/monstro atingisse o proprio Nagato, sugando sua vitalidade. Nagato deu sua vida usando um último Jutsu, capaz de dar a vida a suas vítimas recentes, revivendo boa parte de Konoha, então não se sabe se ainda existe outro usuário de Rin'negan ou se o proprio foi extinguido para sempre.